Henri Louis Pernod, fondateur de la maison Pernod & Fils en 1797, est associé au développement de la production d’absinthe en France. L’usine du groupe Pernod s’installa sur le domaine « Bagatelle », au lieu-dit Lafontaine à Mérignac. La demeure du domaine, une chartreuse, date de 1869. Le groupe Pernod y poursuivra ses activités jusqu’en 1990.
C’est au début des années 90, que la jeune association Médecins Sans Frontières, à la recherche de locaux pour stocker les médicaments et réparer les véhicules au retour des missions, décide de s’installer à Mérignac. Le lieu choisi est l’ancienne usine du groupe Pernod Ricard, proche de l’aéroport de Bordeaux Mérignac. Cette proximité avec l’aéroport fut l’un des critères décisifs, car l’acheminement des secours se fait par voie aérienne.
En 2001, des travaux d’extension et de modernisation ont été entrepris, l’entrepôt passe alors de 2 600 m² à 5 200 m². Quelques années plus tard, c’est le centre de formation, hébergé dans la chartreuse, qui est réhabilité. En 2019, de nouveaux bâtiments sont construits portant la capacité de stockage à plus de 20 000 m².
À partir 2021, le centre Jacques-Pinel, site de formation d’envergure, propose des formations dans tous les métiers du mouvement MSF, en particulier dans le secteur du soutien logistique. C’est un des plus grands pôles de logistique humanitaire dans le monde.