Fin juin, le gouvernement quitte la capitale girondine pour Vichy. Le maire de Bordeaux, Adrien Marquet, devient ministre de l’Intérieur. Il collabore étroitement avec les forces d’Occupation. Le préfet François Pierre-Alype, nommé le 5 août 1940 est, lui aussi, un pétainiste convaincu. Il est remplacé par Maurice Sabatier en mai 1942, qui désigne Maurice Papon secrétaire général de la préfecture de la Gironde.
Avec la débâcle militaire du printemps 1940, des millions de civils fuient. Ils s’ajoutent aux réfugiés espagnols, aux émigrés juifs et aux évacués de Meurthe-et-Moselle.
En quelques semaines, la population bordelaise passe de 300 000 à 700 000 habitants, entraînant une pénurie de denrées, d’eau et d’hébergements.
À la veille de la guerre, Mérignac connaît un essor urbain et démographique sans précédent. Sous l’impulsion de Benjamin Saufrignon, maire depuis 1927, des travaux permettent de moderniser la cité. Les premiers lotissements sortent de terre et la population passe de 11 939 habitants en 1926 à 21 417 habitants en 1946.
Sous-secrétaire d’État à la Défense nationale et à la Guerre, le général de Gaulle est envoyé en mission en Grande-Bretagne, pour demander des renforts. De retour à Bordeaux, il apprend la nomination du maréchal Pétain à la présidence du Conseil.
En désaccord avec les négociations d’armistice et refusant la défaite, il s’envole depuis Mérignac pour Londres, le 17 juin 1940. Le lendemain, avec l’appui de Winston Churchill, il lance un appel à poursuivre le combat sur les ondes de la BBC.
1er juillet 1940 : les Allemands entrent dans Mérignac. Entre 5 000 et 12 000 hommes constituent les troupes de l’Occupation. Les installations aéroportuaires sont occupées par la Luftwaffe, l’armée de l’Air allemande ; de nombreux logements sont réquisitionnés, ainsi que des usines.
Comme partout, le quotidien des Mérignacais est bouleversé, régi par les consignes de l’occupant. Les pendules sont avancées d’une heure, la circulation de nuit est soumise à autorisation. Le ravitaillement (vivres et combustible) est la préoccupation principale. Des services auxiliaires sont créés pour faire face aux obligations de rationnement, installés dans l’ancienne église Saint-Vincent.
La forte présence allemande et la situation stratégique de la ville conduisent les troupes alliées à en faire une cible privilégiée : les bombardements n’épargnent pas Mérignac. Dès le 2 septembre 1939, une sirène a été installée pour avertir la population dans le cadre de la défense passive.
Pendant la durée du conflit, le conseil municipal est le relais du pouvoir de Vichy. Le maire est chargé de l’exécution des décisions du préfet et est l’interlocuteur des Allemands.
Le 20 août 1940, Benjamin Saufrignon fait part de la collaboration loyale qui existe entre les autorités allemandes et la municipalité, laquelle s’est dotée d’un interprète. Il continue de défendre les intérêts de ses administrés avec paternalisme. Le premier magistrat est confirmé dans ses fonctions le 8 avril 1941, à la tête d’un conseil municipal peu remanié.
À la Libération, il est emprisonné au fort du Hâ, à Bordeaux, mais ne sera pas poursuivi pour actes de collaboration.
En 1928, la municipalité Saufrignon avait créé un prix pour récompenser une jeune Mérignacaise méritante, issue d’une famille nombreuse. La « Muse du travail » est célébrée à Mérignac, louant la famille et le travail. Des valeurs chères à Benjamin Saufrignon et proches de celles inspirant la Révolution nationale.
Pour promouvoir les valeurs familiales incarnées par la mère, le gouvernement de Vichy inscrit la fête des mères au calendrier politique : la ville de Mérignac les honore le 25 mai 1941.