Les forces françaises entrent dans Bordeaux le 28 août 1944 sans combat. Le lendemain, Sud-Ouest titre en Une de son premier numéro : « Pendant toute la journée de lundi, au milieu d’un enthousiasme indescriptible, Bordeaux a fêté sa libération ».
Le 17 septembre, le général de Gaulle vient saluer la ville et rendre hommage aux Forces françaises libres, depuis le balcon de l’ancienne préfecture, cours du Chapeau-Rouge.
À la Libération, la Résistance investit le camp et libère les internés encore présents en raison des mesures mises en place par le régime de Vichy. Le camp reste ouvert et l’internement administratif joue un rôle important dans le processus d’épuration.
Anciens internés – arrêtés avant la Libération, comme ceux faisant l’objet de poursuites judiciaires et des étrangers – et nouveaux cohabitent alors dans les baraquements. Ces derniers, soumis à un régime plus restrictif, sont internés par la nouvelle administration française : des suspects de collaboration, des miliciens, des civils allemands et de nombreuses femmes. En septembre, le camp est surpeuplé, il accueille jusqu’à 900 internés, hommes et femmes.
La Libération marque l’internement de quantité de femmes, envoyées par l’administration française à Beaudésert. À partir du 15 octobre 1944, elles sont conduites à Eysines, dans une annexe du camp de Mérignac. Des collaboratrices côtoient des femmes ayant un conjoint allemand, mais aussi des étrangères en particulier des Allemandes, des prostituées ou des femmes au service de l’occupant.
La loi du 10 mai 1946 fixe la date légale de cessation des hostilités et met fin à l’internement administratif. Le camp de Mérignac devient alors un centre de détention provisoire pour les étrangers qui ont illégalement pénétré en France. Devenu centre régional d’immigration, il regroupe de nombreux réfugiés politiques, essentiellement des Espagnols. Sa fermeture officielle est prononcée le 15 mai 1948.
Pour autant, des familles continuent d’occuper les baraquements désaffectés sans autorisation. En 1953, 200 personnes y sont logées dans des conditions rudimentaires. À la fin des années 1950, les dernières installations du camp disparaissent et laissent place à une carrière.
Une stèle rappelant l’existence du camp est érigée en 1985, modifiée en 2016, avenue des Martyrs-de-la-Libération.